Pour René THIMONNIER, une étude raisonnée de l'orthographe se fonde beaucoup plus sur des rapports de structure que de fréquence. Il tente de mettre en évidence un système graphique du français, complexe certes mais relativement cohérent, pour fournir une solution rationnelle au problème de l'orthographe. A cet effet, il se réfère non à des termes isolés mais à des listes de mots regroupés pour être analysés scientifiquement. Partant de là, il dégage pour l'orthographe lexicale quelques principes fort simples pratiquement applicables à toutes les difficultés : des constantes phonético-graphiques (règle générale de l'accentuation par exemple) des homonymies totales ou partielles et des familles de mots. D'une manière générale, les élèves sont invités à exercer leur sagacité sur trente problèmes essentiels dont les données présentées en tableau font l'objet d'une solution raisonnée et d'exercices d'application (Les trente problèmes de l'orthographe, 1979).

Bien que la valeur scientifique des recherches de THIMONNIER ne puisse être mise en doute, il faut malheureusement constater qu'elles risquent de perdre de leur efficacité dans la mesure où l'auteur se réfère à un corpus de 35000 mots (le dictionnaire de l'Académie) et où le travail de recherche assumé par les élèves dépend de leur degré d'engagement et de leurs possibilités de dégager des lois, d'ensembles structurés. Pour J. GUION, L'Institution orthographe, 1974, p.158) R. THIMONNIER commet deux erreurs : "II considère comme d'égale importance au niveau de l'objectif les mots de base, ceux de disponibilité et ceux que l'on ne rencontre que très exceptionnellement ... Il oublie que les notions de séries ne peuvent être enseignées à l'enfant avant qu'il n'ait atteint le stade des opérations formelles (11, 12 ans)".

En conclusion, les règles dégagées par THIMONNIER semblent donc inaccessibles pour la plupart des élèves d'écoles primaires car elles ne répondent pas à la démarche psychologique et intellectuelle des enfants de cet âge.